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1996年，魔法界的形势十分严峻，伏地魔麾下的食死徒公开进行活动，谋杀、失踪和破坏时常发生。几名食死徒在霍格沃茨六年级学生德拉科·马尔福的安排下进入了学校，攻击了学生和老师。校长阿不思·邓布利多被西弗勒斯·斯内普杀死（西弗勒斯·斯内普是遵照了阿不思·邓布利多的指令）。出于安全的原因，学校面临着被关闭的危险。
1997年，西弗勒斯·斯内普按照伏地魔的指令成为校长，学校继续上课。
不管学校董事会后来作出了什么决定，由于伏地魔接管了魔法部，因此所有少年巫师都必须进入霍格沃茨学习。同时，学校要求学生提供血统证明，表明他们已向魔法部证明自己的巫师血统，才能获准入学。这样，伏地魔就能把所有的巫师从小就置于他的监视之下，同时清除麻瓜出身者，包括那些在收到通知前并不知道自己是巫师的十一岁的孩子。他们可能永远也见不到霍格沃茨，甚至永远也见不到自己的家人。
麻瓜研究变成了必修课程，主要讲述麻瓜们如何卑鄙恶劣。而黑魔法防御术则变成赤裸裸的黑魔法课，要求学生学习使用非法的诅咒。西弗勒斯·斯内普被任命为校长，而阿莱克托和阿米库斯·卡罗则分别成为麻瓜研究和黑魔法课的教师，同时也成为斯内普的副校长。这是一段及其恐怖的时期，没有人有把握说谁是朋友，而谁又是敌人。黑魔法防御术教师由阿米库斯·卡罗接任，麻瓜研究教师则由阿莱克托·卡罗接任（两人均为伏地魔指定的食死徒）。哈利·波特、罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰三人逃学去寻找并摧毁伏地魔的魂器。后来，哈利·波特回到霍格沃茨，寻找并摧毁剩余魂器，伏地魔得知后，率全部食死徒和巨人赶来，哈利·波特率教师、学生、凤凰社、邓布利多军等奋起抵抗，1998年5月，霍格沃茨保卫战爆发。西弗勒斯·斯内普因老魔杖的归属问题，遭到伏地魔杀害（西弗勒斯·斯内普其实是凤凰社的间谍，为阿不思·邓布利多效力，但伏地魔并不知道这一点），哈利·波特摧毁了全部魂器，在最后决斗中杀死伏地魔，带领众人取得霍格沃茨保卫战的胜利。
和平的曙光终于到来，米勒娃·麦格教授接任校长一职，哈利·波特成为了战后英雄，在战斗中，霍格沃茨城堡被严重破坏。潜逃的黑巫师食死徒仍在逍遥法外，打击余孽，肃清魔法界的工作仍然十分艰巨。
霍格沃茨在战后已经被修复，而在2017年时早已重新开学。米勒娃·麦格还是校长，学校的四个学院仍然存在，许多之前学生的子女也开始进入霍格沃茨上学。纳威·隆巴顿在从傲罗的位置上退下来后成为了学校的草药学教授，还有许多拥有魔法天赋的孩子也被招入院中。
必修课
魔药学：学习制造有魔法效果的混合物。要想正确地制作出魔药，必须正确地混合配料，按照要求搅拌，并把握好合适的时间和适宜的温度。
魔法史：学习关于魔法世界的历史。包括：妖精叛乱、巨人战争、《国际保密法》的起源等。
天文学：与麻瓜世界中的学科完全相同的科目。天文学在天文塔上课，这里是霍格沃茨城堡最高的塔楼。课程的内容包括：使用望远镜观测夜空。天文课每周在午夜时进行，一年级的学生则在星期三上这门课。学生需要学习的内容包括：行星、恒星和星座的名称，以及它们的位置、轨道和环境。观察行星和恒星方位，运动轨迹和各星之间的影响。
草药学：了解魔法植物，并学习如何照料、使用它们，并防止被它们伤害。这门课在霍格沃茨城堡外面的温室进行。
魔咒课：学习一些常用咒语的作用和使用方法。魔咒学的课堂上是出了名的嘈杂和混乱，因为这门课需要大量的实践与练习。魔咒课的教室位于霍格沃茨城堡的三楼。
黑魔法防御术：学习防御型魔法、让自己免受黑魔法和黑暗生物伤害的科目。
变形学：变形术是改变对象形状或外观的魔法分支，而这也是这门课程所介绍的内容。变形学是一门基于理论的科目，教学的咒语包括：转换咒（给对象的一部分变形，比如让人长出兔子耳朵）、消失咒（让对象完全消失）、和召唤咒（让对象凭空产生）等。这类咒语可以把无生命的对象变成有生命的对象，反之亦然。
限定必修课
飞行课：一年级新生的必修课。从如何拿起飞天扫帚开始，学习最基本的飞天扫帚飞行技巧。学校提供二十多把老旧的飞天扫帚，这些扫帚的质量不尽理想，有的飞太高时会瑟瑟发抖，还有的总是微微向左偏。
幻影移行培训班：幻影移形是魔法世界中长途旅行的一种方式。六年级或者七年级的学生才可以选择参加这门课程。在魔法世界中，使用幻影移形需要获得许可，并且只有十七岁以上的巫师才被允许幻影移形。进行这种限制的理由是幻影移形存在一定的危险性：注意力不集中
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